Извлечь максимальное значение в каждой группе в кадре данных
У меня есть кадр данных с переменной группировки («Джин») и переменная значения («Значение»):
Gene Value A 12 A 10 B 3 B 5 B 6 C 1 D 3 D 4 Для каждого уровня моей переменной группировки я хочу извлечь максимальное значение. Таким образом, результатом должен быть кадр данных с одной строкой на уровне переменной группировки:
Gene Value A 12 B 6 C 1 D 4
Может ли aggregate трюк?
- Оценить выражение, данное как строка
- Создание нескольких графических элементов из R-функции
- Почему `vapply` безопаснее, чем` sapply`?
- Чтение файла Excel непосредственно из сценария R
- Уникальная комбинация всех элементов из двух (или более) векторов
- Предупреждающее сообщение: В `...`: недопустимый факторный уровень, сгенерированный NA
- Общие рекомендации по отладке в R
- Условное слияние / замена в R
- Построение двух переменных в виде строк с использованием ggplot2 на одном графике
- Как отлаживать «контрасты могут быть применены только к факторам с 2 или более уровнями»?
- Преобразование эпохи UNIX в объект Date
- Создание категориальной переменной в R на основе диапазона
- Почему суммировать или мутировать не работать с group_by при загрузке `plyr` после` dplyr`?
В R есть много возможностей сделать это. Вот некоторые из них:
df <- read.table(header = TRUE, text = 'Gene Value A 12 A 10 B 3 B 5 B 6 C 1 D 3 D 4') # aggregate aggregate(df$Value, by = list(df$Gene), max) aggregate(Value ~ Gene, data = df, max) # tapply tapply(df$Value, df$Gene, max) # split + lapply lapply(split(df, df$Gene), function(y) max(y$Value)) # plyr require(plyr) ddply(df, .(Gene), summarise, Value = max(Value)) # dplyr require(dplyr) df %>% group_by(Gene) %>% summarise(Value = max(Value)) # data.table require(data.table) dt <- data.table(df) dt[ , max(Value), by = Gene] # doBy require(doBy) summaryBy(Value~Gene, data = df, FUN = max) # sqldf require(sqldf) sqldf("select Gene, max(Value) as Value from df group by Gene", drv = 'SQLite') # ave df[as.logical(ave(df$Value, df$Gene, FUN = function(x) x == max(x))),]
Использование sqldf и стандартного sql для получения максимальных значений, сгруппированных по другой переменной
https://cran.r-project.org/web/packages/sqldf/sqldf.pdf
library(sqldf) sqldf("select max(Value),Gene from df1 group by Gene")
или
Использование превосходного пакета Hmisc для группового применения функции (макс.) https://www.rdocumentation.org/packages/Hmisc/versions/4.0-3/topics/summarize
library(Hmisc) summarize(df1$Value,df1$Gene,max)
df$Gene <- as.factor(df$Gene) do.call(rbind, lapply(split(df,df$Gene), function(x) {return(x[which.max(x$Value),])}))
Просто используя базу R