Открытие всех файлов в папке и применение функции

Я делаю относительно простой fragment анализа, который я вложил в функцию, во все файлы в определенной папке. Мне было интересно, есть ли у кого-нибудь советы, которые помогут мне автоматизировать процесс в нескольких разных папках.

1. Во-первых, мне было интересно, есть ли способ прочитать все файлы в конкретной папке прямо в R. Я считаю, что следующая команда перечислит все файлы:

files <- (Sys.glob("*.csv"))

… который я нашел из « Использование R», чтобы перечислить все файлы с указанным расширением

• Элементарно означает над списком матриц
• Удалите все знаки препинания, кроме апострофов в R
• Заменить содержимое столбца факторов в R-файле
• листинг содержимого файла данных R без загрузки
• Функция не найдена в R doParallel 'foreach' - Ошибка в {: task 1 failed - "не удалось найти функцию" растровый "

И тогда следующий код читает все эти файлы в R.

 listOfFiles <- lapply(files, function(x) read.table(x, header = FALSE)) 

… из Manipulating нескольких файлов в R

Но файлы, кажется, читаются как один непрерывный список, а не отдельные файлы … как я могу изменить скрипт, чтобы открыть все файлы csv в определенной папке в виде отдельных фреймов данных?

2. Во-вторых, предполагая, что я могу читать все файлы отдельно, как мне выполнить функцию на всех этих кадрах данных за один раз. Например, я создал четыре небольших кадра данных, поэтому я могу проиллюстрировать, что хочу:

    Df.1 <- data.frame(A = c(5,4,7,6,8,4),B = (c(1,5,2,4,9,1))) Df.2 <- data.frame(A = c(1:6),B = (c(2,3,4,5,1,1))) Df.3 <- data.frame(A = c(4,6,8,0,1,11),B = (c(7,6,5,9,1,15))) Df.4 <- data.frame(A = c(4,2,6,8,1,0),B = (c(3,1,9,11,2,16))) 

Я также создал примерную функцию:

 Summary<-function(dfile){ SumA<-sum(dfile$A) MinA<-min(dfile$A) MeanA<-mean(dfile$A) MedianA<-median(dfile$A) MaxA<-max(dfile$A) sumB<-sum(dfile$B) MinB<-min(dfile$B) MeanB<-mean(dfile$B) MedianB<-median(dfile$B) MaxB<-max(dfile$B) Sum<-c(sumA,sumB) Min<-c(MinA,MinB) Mean<-c(MeanA,MeanB) Median<-c(MedianA,MedianB) Max<-c(MaxA,MaxB) rm(sumA,sumB,MinA,MinB,MeanA,MeanB,MedianA,MedianB,MaxA,MaxB) Label<-c("A","B") dfile_summary<-data.frame(Label,Sum,Min,Mean,Median,Max) return(dfile_summary)} 

Обычно я использовал бы следующую команду для применения функции к каждому отдельному файловому кадру.

Df1.summary <-summary (dfile)

Есть ли способ вместо применения функции ко всем фреймворкам данных и использовать заголовки данных в сводных таблицах (например, Df1.summary).

Большое спасибо,

Кэти

 filenames <- list.files("temp", pattern="*.csv", full.names=TRUE) ldf <- lapply(filenames, read.csv) res <- lapply(ldf, summary) names(res) <- substr(filenames, 6, 30) 

 filenames <- list.files("temp", pattern="*.csv") paste("temp", filenames, sep="/") 

 > res$`df4.csv` AB Min. :0.00 Min. : 1.00 1st Qu.:1.25 1st Qu.: 2.25 Median :3.00 Median : 6.00 Mean :3.50 Mean : 7.00 3rd Qu.:5.50 3rd Qu.:10.50 Max. :8.00 Max. :16.00 

 for (i in 1:length(res)) assign(paste(paste("df", i, sep=""), "summary", sep="."), res[[i]]) 

 require(plyr) require(dostats) files <- list.files(pattern = ".csv") for (i in seq_along(files)) { assign(paste("Df", i, sep = "."), read.csv(files[i])) assign(paste(paste("Df", i, sep = ""), "summary", sep = "."), ldply(get(paste("Df", i, sep = ".")), dostats, sum, min, mean, median, max)) } 

 R> Df1.summary .id sum min mean median max 1 A 34 4 5.6667 5.5 8 2 B 22 1 3.6667 3.0 9 R> Df2.summary .id sum min mean median max 1 A 21 1 3.5000 3.5 6 2 B 16 1 2.6667 2.5 5