Ошибка загрузки rJava в RStudio / R после «обновления» до OSX Yosemite

У меня была такая же проблема, и я прошел те же шаги, что и вы. Последним шагом для запуска RStudio через Finder / Spotlight было соединение libjvm.dylib с / usr / local / lib:

 sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib 

Флаг -f добавлен, чтобы принудительно перезаписать существующий файл / ссылку

В OSX El Capitan 10.11 у пользователя нет разрешения на запись в / usr / lib. Вместо этого используйте следующую команду:

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib 

Вы можете загрузить libjvm.dylib явно, запустив

 dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib') library(rJava) 

Следующие командные работы:

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib 

После этого, в RStudio, загрузка rJava работает через загрузку пакета «xlsx».

 library("xlsx") 

PS # 1 Окружающая среда: Mac OS X El Capitan 10.11.3+ с RStudio 0.99.491+ и R 3.2.3+. (Я тестировал это также на macOS Sierra (10.12) и R.3.3.1.)

PS # 2 Я обнаружил, что openxlsx работает намного быстрее и не полагается на работу Java, поэтому теперь я использую этот пакет. Надеюсь, что помогает другим.

В macOS High Sierra (10.13.1) и Java версии 9 вам нужно использовать несколько другой путь JVM (обратите внимание на отсутствующую папку jre в пути по сравнению с инструкциями для более ранних версий Java):

 sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib 

Вы также должны уведомить R о JVM:

 ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/ 

Именно так я правильно настроил его на двух компьютерах Mac под управлением Mac OS X El Capitan (10.11.6):

1. Удалите ‘rJava’, выполнив следующие команды в окне терминала:

    Rscript -e 'remove.packages("rJava")' sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")' 

2. Загрузите и установите программное обеспечение Java из Oracle: https://www.java.com/ru/download/mac_download.jsp

3. Добавьте следующие строки в /Users//.bashrc используя ваш любимый редактор:

    # Set JAVA_HOME so rJava package can find it export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre 

4. Закройте и перезапустите все windows терминала, R и RStudio (чтобы получить изменения в .bashrc ).

5. Выполните следующую команду в окне терминала:

    sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib 

6. Выполните следующую команду в окне терминала:

    sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")' 

Вы должны иметь возможность использовать CRAN rJava, без необходимости перекомпилировать rJava или делать какие-либо дополнительные шаги, связывая общую библиотеку с библиотекой библиотек R frameworks.

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries 

Вот несколько простых шагов для этого:

1. удалить пакет rJava: remove.packages (rJava)
2. закрыть R
3. установить последнюю Java на вас mac
4. Откройте терминал и введите следующую команду: sudo R CMD javareconf

5. Откройте R и установите rJava с помощью этой команды:

   install.packages (“rJava”, dependencies = TRUE, type = “source”)

Проблема с изображением не найдена с совершенно новой установкой на OSX High Sierra с новейшим Java SE 10 JDK.

Мне удалось решить проблему с rJava, используя исправление, обнаруженное на странице проблем rJava Github: https://github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / Система / Библиотека / Рамки / JavaVM.framework / Заголовки

Вот что сработало для меня на MAC:

1. в вашем ~/.profile или ~/.bashrc добавьте эту строку: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile (или % source .bashrc )

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. С терминала введите %sudo R CMD javareconf команду: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. Загрузите свою library("rJava", "RWeka")

Удачи.

Может быть, еще один простой ответ, который не касается вашей файловой системы:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(Замените jdk1.8.0_131.jdk на свой путь JDK.)

Проверьте расположение файла libjvm.dylib.

Попробуйте это, в моем случае это сработало:

 dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib') library(rJava) 

Здесь вы можете загрузить устаревшую версию Java 6 для El Capitan: https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US. После этого пакет rJava работает для меня.

Выполните следующее в командной строке: sudo R CMD javareconf

Несколько вышеупомянутых решений упомянули об этом, но они также предлагают удалить и впоследствии переустановить пакет rJava . Я обнаружил, что эти дополнительные шаги не нужны.

Эта строка ниже решила ту же проблему, что и у меня с пакетом rJava , как это делали некоторые другие в этой дискуссии. Я уверен, что есть несколько решений этой проблемы, и я искренне благодарю их всех за их вклад, потому что иногда одна строка, подобная приведенной ниже, экономит много времени, чтобы отправиться в мусор!

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib