Список всех файлов, соответствующих шаблону полного пути в R
Я пытаюсь получить список файлов, соответствующих шаблону полного пути . До сих пор я использовал list.files (), но это не сработало.
Предположим, что у нас есть следующая организация каталогов:
results |- A | |- data-1.csv | |- data-2.csv | |- B |- data-1.csv |- data-2.csv Затем выполните команду:
- Как выбрать шаблон пробела?
- R dplyr: переименование переменных с использованием строковых функций
- Регулярное выражение, разделите строку заглавной буквой, но игнорируйте TLA
- Java String.split () Regex
- Разделить строку на массив символов
list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE)
вернет все файлы, соответствующие шаблону. Это работает, но проблема возникает при использовании шаблона полного пути . Например, если я хочу получить все CSV-файлы из результатов каталога / A , я мог бы сделать:
list.files(pattern='results/A/data-.*\\.csv', recursive=TRUE)
Это не работает. Так или иначе, похоже, что R не может использовать шаблон полного пути в качестве регулярного выражения. В этом случае решением может быть просто использовать результаты / A в качестве базового пути. Но в более сложных проблемах это невозможно. Например, в какой-то момент мы можем захотеть сопоставить подкаталоги, содержащие только символы:
list.files(pattern='results/[AZ]+/data-.*\\.csv', recursive=TRUE)
Можно ли это сделать в R?
ОБНОВЛЕНИЕ: после использования ad hoc-решений некоторое время я решил прекратить печатать снова и снова. Итак, я создал библиотеку для упрощения этой задачи.
- grep с использованием символьного вектора с несколькими шаблонами
- Как я могу сопоставить вложенные скобки с помощью regex?
- Какое лучшее регулярное выражение проверяет правильность строки?
- Regex.Match целые слова
- Использование регулярных выражений с ls
- Разделение строки на каждый n-й символ
- Как удалить пустые строки из форматированной строки?
- Как разбить String на некоторый разделитель, но не удаляя этот разделитель в Java?
Во-первых, обратите внимание, что вы не используете шаблоны регулярных выражений. Ваш первый пример должен быть:
list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE)
Затем кажется, что шаблон, сопоставляемый внутри list.files , применяется к list.files файлов (т. list.files Не включая путь к каталогу), поэтому вы можете разбить задачу на:
-
Найти все файлы, соответствующие только basename, вернуть их полный путь:
basename.matches <- list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE, full.names = TRUE) basename.matches # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv" "./results/B/data-1.csv" # [4] "./results/B/data-2.csv" -
Храните только те, которые соответствуют ожидаемой директории (-ий):
full.matches <- grep(pattern='^\\./results/A/', basename.matches, value = TRUE) full.matches # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv"
Вы не можете сделать это только с помощью list.files потому что он перебирает каждый элемент в path и применяет регулярное выражение к содержащимся в нем файлам. Но поскольку аргумент path для list.files может принимать вектор, вы можете использовать его для решения своей проблемы.
dirs <- grep("[AZ]+$",list.dirs("results",recursive=FALSE),value=TRUE) list.files(dirs, "data-.*\\.csv", recursive=TRUE, full.names=TRUE)
Я думаю, что есть еще более простое решение:
Sys.glob(file.path(results, "[AZ]", "data-*.csv"))
я буду использовать
paths <- list.files(results, pattern= glob2rx("*data-*.csv$*"), full.names=T, recursive=T)